空调系统必须经过初效、中效、高效三级过滤处理的净化空调系统。保证送入室内的空气是洁净空气，能对室内污染空气进行稀释。
室内保证一定压力，防止无尘室内空气受外界空气干扰。一般工业洁净室要求室内与室外的压差值为5-10Pa。
建筑围护结构必须保证气密性良好，建筑表面光滑，不产尘、不积尘、不泄露。
无菌室一般是在微生物实验室内专辟的一个小房间，面积不宜过大，约4m2~5m2，高2.5m左右即可。无菌室外要设一个缓冲间、净化风淋间及更衣间。无菌室和缓冲间都必须密闭。室内装备必须有空气过滤装置。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台 lm。无菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污垢，便于清洁。工作台的台面必须处于水平状态。工作人员进入无菌室应在更衣室穿戴好灭菌的衣、帽、鞋，经过净化风淋室，再到缓冲间，然后进入无菌室进行检验工作。
县级市的企业一般实验室多使用小型超净工作台。超净工作台其结构简单，便于移动，工作台内有紫外灯和净化风机，外部是推拉式小门或开两个洞的玻璃门，操作时将双臂伸进去即可。
检测无尘车间尘埃粒子、浮游菌、温湿度、压差、风速风量等。